קרן אייסף תעניק השנה כ-800 מלגות לימודים בסך כולל של למעלה מ-6.5 מיליון שקל, לסטודנטים מכל רחבי הארץ. זה למעלה מ-30 שנה, הקרן מעניקה מלגות לימודים, כשהסכום הכולל השנה הוא הגבוה ביותר אי פעם.
תוכנית המלגות של קרן אייסף מעניקה תמיכה כלכלית לסטודנטים, אשר אילוצים כספייםמהווים מכשול בדרכם לרכישת השכלה גבוהה. מלגת הלימודים המוענקת ע"י קרן אייסף מכסה את מרבית שכרהלימוד, לאורך כל שנות לימודיהם של הסטודנטים, החל מהתואר הראשון ועד לפוסט-דוקטורט.
ציון רגב, מנכ"ל קרן אייסף, אומר כי "אייסף רואה חשיבות רבה בקידום השאיפה למצוינות בכלל, ומצוינות אקדמית בפרט, ולכן בחרה להשקיע משאבים רבים במתן מלגות לסטודנטים הבאים מרקע סוציו-אקונומי נמוך. אנו רואים בהצטיינות אקדמאית דרך לפתיחת הזדמנויות רבות להתפתחות אישית ומקצועית ולביסוס עתידם הכלכלי והחברתי של הסטודנטים".
המלגות שמעניקה קרן אייסף הן בגובה 10,500 שקל לתואר ראשון, 12,000 שקל לתואר שני ו-20,000 שקל לדוקטורט בכל שנה משנות התואר. סטודנט המקבל מלגה של קרן אייסף מתחייב, בין היתר, ל-4 שעות שבועיות של פעילות חינוכית קהילתית.
מאז נוסדה בשנת 1977, השקיעה קרן אייסף כ-40 מיליון דולר ב-15 אלף מלגות לימודים מהתואר הראשון ועד לפוסט-דוקטורט.
המלגות מוענקות לסטודנטים במוסדות אקדמאיים בהם פעילה הקרן, כגון אוניברסיטת חיפה, המכללה האקדמית עמק יזרעאל, הטכניון, אוניברסיטת בר אילן, אוניברסיטת בן גוריון, מכון ויצמן למדע, האוניברסיטה העברית, המכללה האקדמית ספיר ועוד.