ד"וח מבקר המדינה 2013 חושף שורה של ליקויים במערכת החינוך בכל הקשור לטיפול בתלמידים לקויי למידה. בחודשים אפריל-יוני 2012 בדק משרד המבקר את ההתאמות בבחינות לתלמידים לקויי למידה. המבקר השווה את התוצאות לדו"ח שהיה בידיו לפני שש שנים. הסתבר כי המגמות שעליהן התריע בדו"ח אז נותרו בעינן ואפילו גדלו. מסתבר כי בכל המגזרים חלה עלייה ניכרת בשיעור הנבחנים שאושרה להם התאמה אחת או יותר, כולל המגזרים הערבי והדרוזי. במגזר היהודי – הכללי והממ"ד – שיעור התלמידים שאושרו להם התאמות הוא כ-40%, והוא גדול פי שניים משיעור בעלי ההתאמות במגזרים החרדי, ערבי ודרוזי. ב-45% מבתי הספר אושרו התאמות ליותר משליש מהתלמידים. ב-18% מבתי הספר אושרו התאמות לכמחצית מהתלמידים. מבקר המדינה מותח ביקורת חריפה על משרד החינוך בנושא זה. המבקר טוען כי למשרד אין כל מעקב אחר התלמידים שאושרו להם התאמות. המבקר קובע עוד כי על משרד החינוך להיערך בתחום זה כך שלא יושפע מיכולות כלכליות או חברתיות. המבקר דורש ממשרד החינוך לקיים הליכי מעקב ופיקוח שוטפים בתחום זה. משרד החינוך ציין בתגובה, כי הוא עתיד לקיים דיון מקיף ויסודי בעניין זה, ובהתאם לזאת יתווה מדיניות בנושא. "ככלל, המשרד שואף לאתר את התלמידים בעלי הלקויות, ולתת להם את ההתאמות הנדרשות כבר בשלבי הלמידה המוקדמים במערכת החינוך. המשרד שואף באמצעות מתן מענה מוקדם – לצמצם את מספר הפונים לקבלת התאמות מורכבות בשלבי הלמידה המאוחרים יותר".