בנים הלומדים בחינוך הממלכתי-דתי נוטים יותר מהבנות להתרחק מהדת, כך עולה ממחקר שערכה ד"ר תחיה וינוגרד ג'אן, ממכללת לוינסקי לחינוך בתל אביב. המחקר נערך בקרב 1,614 תלמידי כיתות י' ו-י"א בבתי"ס ממלכתיים-דתיים. המחקר מצא, כי לכיתה ולביה"ס הייתה השפעה נמוכה בלבד על ההחלטה להתרחק מהדת. לעומת זאת נמצאה השפעה רבה של שמירת ערכי הדת בתוך המשפחה והיחסים האישיים בין בני הבית. עוד מצא המחקר, כי גם בנים שדיווחו על כך שהתרחקו מהדת, הצהירו שישלחו את ילדיהם ללמוד בבתי"ס דתיים.